한 후보자는 권성동 한나라당 의원이 "김대중-노무현 정부 10년 동안 공안분야가 많이 약화됐고, 대검도 공안과가 4개과에서 2개로 줄었다가 이명박 정부에서 3개과로 늘어났는데 앞으로 이 부분을 어떻게 강화할 것이냐"고 묻자 "헌법의 기본인 자유민주질서 수호는 정권에 따라 달라질 수 없는 문제로, 조금 약화됐다가 최근 들어 강화되고 있다"면서 이렇게 답했다. 인사혜택까지 줘서 공안분야를  강화하겠다는 것이어서 논란이 예상된다.

그는 최근 공안 당국이 북한 지하당 혐의로 수사하고 있는 이른바 '왕재산'사건에 대해 권 의원이 "야권에서는 신공안정국 조성용이라고 수사 발목잡기를 한다"고 지적하자 "이 사건은 우리가 17년 만에 찾아낸 지하당 사건으로 공안 입장에서는 좋은 사건"이라며 "그 동안 공을 많이 들였고 성과를 내고 있는데, 현재 공안현실을 반영하는 사건으로 철저히 수사하고 있다"고 말했다.

그는 검찰의 강압수사 지적에 대해서는 수긍하는 모습을 보였다. "인권보호라는 측면에서 검찰이 경찰보다 낫다고 할 수 있느냐"는 김학재 민주당 의원의 질문에 "노력하고 있다"며 인정하는 모습을 보였다. 또 '법조 브로커' 윤상림 사건과 관련해 법원이 판결문에 "검사의 추측 진술 이외에는 아무런 증거가 없다"며 무죄판결을 내렸음에도, 당시 수사를 총괄한 부장검사는 검사장으로 승진하고, 담당검사는 법무부로 영전한 것은 검찰인사가 아니라 조폭들이 하는 짓이라는 지적에도 "구체적인 상황을 알아보겠다"고 답했다.

또 신지호 한나라당 의원이 '청목회'사건과 관련해 "권경석 의원의 사무국장이 후원금 내역 자료를 제출해 이를 정리해서 철했다고 진술조서가 작성돼 있는데, 이 사무국장은 이 자료를 검찰조사에 가져간 적도 제출한 적도 없었던 것으로 밝혀졌다"며 "재판에서 이 사무국장이 이를 부인했는데, 세 차례에 걸쳐 10시간씩 조사 받으면서 진이 빠졌고, 세 번째는 피의자로 신분이 바뀌면서 압박을 받아 제대로 확인을 못하고 진술조서에 지장을 찍었다고 한다"고 문제를 제기하자 "총장에 취임한다면 진상을 규명해 보겠다"고 밝혔다.