재단 내 시설 원장 2명이 지속적으로 장애여성들을 성폭력한 사실이 2012년 7월 내부 종사자들에 의해 고발됐다. 자림복지재단은 내부 종사자들이 고발하기 이 전부터 성폭력 사실을 확인했지만, 별다른 조치를 취하지 않았다. 이에 장애인단체 활동가들은 28일 재단의 대표이사가 사회복지학과 교수로 있는 한일장신대를 찾아 교수 해임을 요구했다.