지난 2012년 대선과 총선 당시 불법댓글을 통한 정치 관여 혐의를 받고 있는 국군사이버사령부(사이버사)가 MB정부 당시 청와대와 여러 차례 접촉해왔다는 의혹이 제기됐다. 또 국방부는 이런 사실을 인지하고 조사를 진행했음에도 최종 수사 결과 발표에서 이런 사실을 밝히지 않아 은폐를 시도한 것 아니냐는 의혹도 아울러 제기됐다.

20일 국회 국방위원회 소속 김광진 새정치민주연합 의원은 "국방부 조사본부가 이명박 정부 당시 사이버사령부의 정치댓글 작성을 지원한 의혹을 받고 있는 김태효 전 청와대 대외전략기획관(현 성균관대 교수)을 참고인 신분으로 작년 12월께 2~3차례 조사했다"고 밝혔다.

이는 김 전 기획관이 지난 대선을 앞두고 사이버사령부 심리전단인 530단장을 정기적으로 만났다는 사이버사 현직 간부의 진술에 의해 진행된 조사였다. 이 간부는 "2012년 심리전단 이아무개 전 단장과 박아무개 운영대장(현 단장)이 김 전 기획관 연락을 받으면 서둘러 나가곤 했다, 한 달에 1~2번꼴로 대면 접촉했다"고 진술한 것으로 알려졌다.

이명박 대통령의 최측근으로 알려진 김 전 기획관은 사이버심리전 강화를 주된 내용으로 하는 '국방개혁 307계획' 작성에도 깊이 관여한 인물로 알려졌다.

김 의원은 "조사본부가 작년 연말 MB 최측근인 김 전 기획관을 비밀리에 성균관대에서 2~3차례 조사했다"면서 "건강 이상 등 별다른 문제가 없는데도 국방부에서 불과 8㎞ 떨어진 성대까지 직접 찾아가 조사한 것은 특별 대우"라고 지적했다. 또 조사본부는 조사 중 김 전 기획관을 '수석님'이라고 호칭하다가 그의 요청에 따라 '교수님'으로 바꿔 부른 것으로 전해졌다. 이후 조사본부는 김 전 기획관에 대해 무혐의 처분한 것으로 확인됐다.

하지만 조사본부는 지난 8월 최종 수사결과 발표 때도 김 전 기획관을 조사했다는 사실을 공개하지 않았다. 조사본부는 "심리전단 전·현 단장은 직급상 청와대 수석에게 지시를 받거나 보고하는 위치가 아니었다"고 해명했다.